Die Idee war, alle Dateioperationen mit einer Lockdatei abzusichern. Das löst dein Problem dann nicht, wenn du die Löschungen benötigst, während auf einen Teil der Dateien zugegriffen wird.

Es löst das Problem dann, wenn du es dir erlauben kannst, für alle Dateioperationen global zu locken. Oftmals ist das gegeben. Durch den Lock wüsstest du dann, dass genau 0 von deinen Dateien gerade irgendwo im Zugriff sind. Und dann könntest du diese Dateien alle löschen.

Locks auf 1000 verschiedene, vielleicht sogar leere Dateien hört sich verdammt verkehrt an. Um was für ein Dateisystem handelt es sich überhaupt? Wenn es eine lokale Festplatte ist, kann die nämlich sowieso nicht bei 1000 Dateien gleichzeitig lesen und/oder schreiben, daher könnte es sein, dass es nicht langsamer ist, alle Dateioperationen nacheinander auszuführen (könnte vielleicht sogar schneller sein, je nachdem, was du so machst). Handelt es sich um ein paralleles Dateisystem, sieht die Sache natürlich anders aus. Dort sind oft lesen/schreiben recht billig, aber
öffen und locken (sofern überhaupt unterstützt) oft recht teuer.