Das kommt darauf an...

...was du genau machen willst
...wie groß die Dateien sind
...wie viele Dateien es sind

usw.


Bei nicht allzu großen Datenmengen könnte man zum Beispiel erst alle Dateien einlesen und dann entsprechende Bereiche ausgeben.

Wenn du aber eine feste Reihenfolge in der Ausgabedatei hast, also zunächst nur was aus Datei A, dann nur aus Datei B, dann bietet es sich natürlich an, die Eingabedateien der Reihe nach abzuarbeiten.