Es ist unsinnig, ein Kommando wie cd per system abzusetzen: Selbst wenn das Kommando sich korrekt ausführen ließe, so wäre seine Wirkung auf den Subprozess beschränkt, der von system gestartet wird, in dem in diesem Fall aber gar nichts interessantes passieren würde.

Die Lösung ist, das Arbeitsverzeichnis des Perlprozesses selbst zu verändern, was sich dann auch auf alle später abgespaltenen Subprozesse auswirkt. Dazu existiert die Perlfunktion -f chdir.

Im vorliegenden Spezialfall wäre jedoch vermutlich die Verwendung des Modules File::Find die eleganteste Lösung, da wird der Wechsel des Arbeitsverzeichnisses neben anderen Dingen automatisch erledigt.