Das ist nicht so verwunderlich.

So versucht die GNU C Library beim öffnen einer Datei ein paar Flags zu setzen um den Daten Transfer zu beschleunigen (Transferblockgröße z.B.). Mache Flags sind *BSD oder Windows spezifisch. Auch unterstützen nicht alle Kernel alle Flags, oder sie sind für bestimmte Benutzer gesperrt. Dann gibt es noch Flags die lassen sich nur auf bestimmte Dateien anwenden. Es hängt auch vom Compiler (und den Optionen) ab welche Flags überhaupt zulässig sind.
So was findet man häufiger in der GNU C Library und ist auch einer der Kritikpunkte an der Lib.

Auch wenn perl nicht immer auf die libc zurück greift, so handelt sie intern ähnlich um möglichst viele Betriebssysteme abzudecken.