was ich nicht verstehe: du hast eine lösung in awk, willst jetzt was in perl schreiben.
irgendein skript läuft gerade auf deinem rechner und braucht schon 3 stunden, aber du sagst nicht, was für ein skript? dein versuch mit perl? warum zeigst du ihn dann nicht?

grundsätzlich kann man den awk-befehl fast genauso in perl übernehmen:
perl -nle '$seen{$_}++; END { for (keys %seen) { if ($seen{$_} == 1) {print $_ } }'