Ich habe das PHP-Modul mal überflogen:
Es verwendet noch ein zufälliges Wort, das vor dem Kodieren dem zu kodierenden String vorangestellt wird. Das macht Crypt::CTR anscheinend nicht.
Außerdem ist die Ausgabe noch Base64-kodiert.

Es muss wohl oder übel für dich die PHP-Funktion nachgebaut werden.