Ein Wunder, dass der Code überhaupt irgendwas macht.

Also: Du hast Datei A. Für jede Zeile in A guckst du, ob es eine Zeile in B gibt, die die A-Zeile ersetzen muss.
Das Resultat, also die original A-Zeilen + die ersetzten A-Zeilen kommen nach C.
Und wie ist genau die Regel, wann A durch B ersetzt wird?