So ganz wird es nicht klar, was Du da genau vorhast. Vermutlich hilft es, wenn Du mal ein paar Beispielzeilen aus Deinen Dateien herzeigst.

Mit Vektoren sind wohl Arrays gemeint. Wenn ich das jetzt richtig verstehe, solltest Du die Datei B am besten irgendwie zu einem Hash verarbeiten statt zu einem Array, und dann sollte das etwas schneller durchlaufen.