Ich glaube nicht, dass der gezeigte Code ausschlaggebend für eine Verzögerung ist.
Genaueres lässt sich allerdings nicht sagen, da einfach Informationen und Code fehlen.

Wird denn auch @fullTable geleert? Wenn nicht, dann wird jede weitere gelesene Datei da hinzugefügt und die alten Datenstand bleibt auch bestehen. D.h. wenn Du 5 Dateien mit jeweils 100 Zeilen hast, dann hat @fullTable nach der ersten Datei 100 Einträge, nach der zweiten Datei 200 Einträge, bis zum Ende mit 500 Einträgen.

Vielleicht liegt da Dein Problem?

Wenn die Daten des vorigen Laufs nicht benötigt werden, könnte man es auch so schreiben:

Die for-Schleife und die Variable $line braucht man dann nicht.

Mehr Details kann man nur erahnen, wenn Du mehr Informationen und Code lieferst.