2012-12-30T13:12:40 errorsmith

Grundsätzlich möchte ich allerdings mein Programm nicht kontrollieren, ich möchte lediglich die Ausgabe auf STDOUT in regelmäßigen Abständen einlesen.

Joa, mit "kontrollieren" meinte ich, das Programm vom Perl-Skript aus öffnen und dann über einen längeren Zeitraum Daten vom Programm empfangen und ggf. auch Daten zum Programm senden.
Letzteres brauchst Du vielleicht nicht, aber "Daten empfangen" war damit durchaus auch gemeint.