Wenn man nur ein Kommando ausführen möchte, kommt man ja schon mit "system()" oder "``" zurecht.
Wenn man aber ein anderes Programm über einen längeren Zeitraum kontrollieren möchte, muß man sich wohl mit IPC auseinandersetzen. "perldoc perlipc" wäre schonmal eine Anlaufstelle. Oder z.B.

http://stackoverflow.com/questions/10569805/what-i...

Vielleicht findest Du da ja was Passendes.