Dateinamen unter Linux können andere Zeichen enthalten als bei Windows.
Es kann ja sein, dass Linux für Windows ungültige Dateinamen schreibt und somit Dateien/Verzeichnisse unlesbar sind.
Außerdem ist die Frage ob der NTFS-Treiber auch korrekt die Zugriffsrechte setzt.

Lassen sich denn die Verzeichnisse wo dein Skript abbricht, im Windows-Explorer anwählen?