Vielleicht liegt es auch an der Schriftart, schon mal als Schrift GD::gdTinyFont probiert?

Wenn du ein lauffähiges Beispiel mit Daten und den kompletten Funktionen, die du in deinem Code verwendest, zeigen könntest, würde ich es testen.

Kennst du schon diese Seiten:
http://gdgraph.com/
http://gdgraph.com/documentation.html