da gibt es viele Möglichkeiten: Die Batchdatei als HERE-Doc im Perl-Skript unterbringen und bedarfsweise eine temporäre Batchdatei erzeugen und per qx ausführen; oder das Perl-Skript aus der Batch heraus aufrufen und eine Umgebungsvariable setzen lassen, oder ...

Was hasst du den schon probiert?