Manschmal ist der erste Schritt in die Richtige Richtung das schwierigste. Wenn du jetzt immer weiter herum bastelst wird es immer schlimmer, wenn irgendwo wird irgendwas immer miteinander kollidieren.

Das einfügen von "use tools" ist recht harmlos und erlaubt auch eine "sanfte" Migration. Wenn die Ersetzung mit Perl machst kannst du auch gleich passende Exorter generieren. Etwa so:

script "foo.pl" -> use tools qw(foo)
script "bar.pl" -> use tools qw(bar)
script "bam.pl" -> use tools qw(bam)

tools.pm -> our %EXPORT_TAGS=(foo => [qw()], bar=>[qw()], bam =>[qw()]);

Damit kannst du spezifisch für jedes Script bestimmen was exportiert werden soll. Per default wird erst mal nichts exportiert und das Script arbeitet wie bisher. Jede konvertiere Funktion kannst du dann in die passenden Exports eintragen und nach dem vollständigen Transfer aus dem Hauptscript entfernen.