Mach noch ein $fh->truncate(0); um sicherzugehen, dass die Datei auch wirklich komplett neu geschrieben wird.

Und wenn Du bischen was Neues machen möchtest, lege die Zahl mit pack "N", $zahl; in die Datei. Damit hat jede Zahl eine Länge von 4 byte und Du kannst aus dem Handler mit read $fh, $buffer, 4; lesen (unpack "N", $buffer;) liefert dann wieder die Zahl.

Auf diese Art und Weise kannst Du mehrere Counter in einer Datei unterbringen...