ja, das ist klar. du liest dateinamen aus einem verzeichnis, z.b. a.txt, welches in 'Sequenzen' liegt.
nun versuchst du in der schleife die datei 'a.txt' zu öffnen, aber die existiert natürlich nicht, weil du dich in einem andern verzeichnis befindest.
du musst den verzeichnisnamen schon mit angeben: "Sequenzen/$_"