Soweit ich es verstehe soll alles nach einem "#" ignoriert werden. Also erzwinge das vor dem Suchstring kein "#" vorkommen darf [^#]

perl -pne 's/^([^#]eintrag\s*=\s*)\d+/\1XXXXX/'
Das heißt dann:
Wenn kein # vor eintrag\s*=\s* dann ersetze \d+ durch XXXXX