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tar -cpzf /pfad/htdocs/backup_neu/$filename.tar.gz /pfad/htdocs/ --exclude=/pfad/htdocs/backup/ ;
kann niemals funktionieren.
Wenn schon eher so:
system("/bin/tar -cpzf /pfad/htdocs/backup_neu/$filename.tar.gz /pfad/htdocs/ --exclude=/pfad/htdocs/backup/");