Firefox und auch Opera denken mit und ändern den Dateityp in .pdf. Chrome ist unintelligent.

Wenn hinten beim Aufruf ein Parameter mit .pdf dran hängt, speichert Chrome mit der richtigen Endung.

Also anstatt:
http://example.org/pdf-cgi.pl
dann:
http://example.org/pdf-cgi.pl?pdf.pdf