was prepare genau macht, ist datenbankabhängig. in mysql ist das per default so implementiert, dass es einfach ein statement-handle erzeugt wird, das du dann mit execute ausführen kannst. erst dann geht es zur datenbank.

wenn du aber die option mysql_server_prepare=1 mit in den dsn schreibst, dann wird das statement serverseitig vorbereitet und auch schon gecheckt (auf syntax und vorhandene tabellen/felder.
das wiederholte ausführen (mit verschiedenen parametern in einer schleife) ist dann auch schneller.
bei server_prepare muss man aber sehr sauber programmieren und alle statement-handles selber mit finish beenden, sonst handelt man sich schwer zu findende bugs ein.

ansonsten erlauben aber sowohl prepare() als auch do() die verwendung von platzhaltern. ich finde prepare aber schöner.