In solchen Fällen kommt man ohne Marker in der URL nicht klar.
Ich habe das gelöst indem ich die URL um eine eindeutige ID ergänzt habe /pfad/zum/script.pl/<id>/seite und das cookie auf /pfad/zum/script.pl/<id> beschränkte. Damit wird immer nur das cookie geliefert, welches gerade aktiv ist.