Ich habe dieses Problem mittlerweile nicht mehr.

Meiner Vermutung nach lag es daran, dass ich in dem Package ein zweites MainWindow erzeugt habe.
Seit ich das MainWindow Objekt an das Package übergebe und damit ein Toplevel erzeuge, bekomme ich keine Fehlermeldungen mehr und mein Programm läuft stabil.

Vielleicht hast du eine ähnliche Konstellation?