Unter Linux ist das Nicht so ein Problem. Linux bündelt und sortiert Festplattenzugriffe so, dass sie mit "einer Bewegung" gelesen werden können. Dadurch sinkt zwar die Zugriffsgeschwindigkeit im einzelnen, die gesamte Performance steigt. Windows Vista und spätere haben, soweit ich weiß, etwas ähnliches.

Die Treiber für Ext3 und co. sorgen selbständig dafür Dateien zusammenhängend bleiben. Auch der NTFS-Treiber unter Windows sollte solche Funktionalitäten haben.