woran genau scheitert es denn?
verschieben kannst du dateien z.b. mit File::Copy::move

$dupeset->files liefert dir vermutlich eine liste mit vollständigen dateinamen. wenn du verschachtelte verzeichnisse hast und die verzeichnisnamen deshalb behalten musst, musst du vor dem verschieben die verzeichnisstruktur zuerst erstellen. den verzeichnisnamen/dateinamen einer datei bekommst du mit File::Basename::dirname/basename.