Thread Sequencing Analysis - Problem Verarbeitung der Masse (3 answers)
Opened by Bells at 2011-12-26 17:24

Bells
 2011-12-26 20:00
#155072 #155072
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2011-12-26
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Das wäre das Programm - im Moment halt mit Eingabe übers Terminal. Vielleicht wäre es sinnig - Fasta.datei mit den beiden Sequenz auslesen lassen.. damit das Programm dann arbeiten kann und dann in einer neuen Datei dann die Ergenisse liefert?! Hier ist die Frage wie setzt man das Codetechnisch um? :(

und von den Modulen habe ich gelesen Bio::Fasta etc. - möchte der jeweilige Dozent nicht haben. Und wir haben jetzt zwar einiges gelesen dazu, aber ein Ansatz fehlt mir jedoch wie ich wo anfange.

Das dies:
Code (perl): (dl )
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print"Gib erste Sequenenz ein \n";
my $seq1=<STDIN>;

print"Gib  zweite Sequenz ein \n";
my $seq2=<STDIN>;


Darüber bin ich mir im klaren,weil so nur kleine Sequezen per Hand eingegeben werden..und der Wusch ist ja die Reads über die chromosomen laufezu lassen,um durch Matching..das passende Chromosom herausfinden zu können.






Code (perl): (dl )
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use strict;
use warnings;
#debug = 1 displays score and traceback matrix


my $debug = 0;
my $now = time;

print"Gib erste Sequenenz ein \n";
my $seq1=<STDIN>;

print"Gib  zweite Sequenz ein \n";
my $seq2=<STDIN>;

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#                                                       Schema für Score                                                                                                          #
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my $MATCH    =  1; # +1 für Buchtstabe, der ein Match macht
my $MISMATCH = -1; # -1 für Buchstabe, der einen Mismatch macht
my $GAP      = -1; # -1 für Lücke
 
 
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#                      Initialisierung / Programmstart                                             #
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my @matrix;
$matrix[0][0]{score}   = 0;
$matrix[0][0]{pointer} = "none";
for(my $j = 1; $j <= length($seq1); $j++) {
$matrix[0][$j]{score}   = $GAP * $j;
$matrix[0][$j]{pointer} = "left";
}
for (my $i = 1; $i <= length($seq2); $i++) {
$matrix[$i][0]{score}   = $GAP * $i;
$matrix[$i][0]{pointer} = "up";
}

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#                                                                       Auffüllen                                                      #
####################################################################################################
for(my $i = 1; $i <= length($seq2); $i++) {
for(my $j = 1; $j <= length($seq1); $j++) {
my ($diagonal_score, $left_score, $up_score);
 
 
####################################################################################################
#                            berechnet match score                                                                                                 #
####################################################################################################
my $letter1 = substr($seq1, $j-1, 1);
my $letter2 = substr($seq2, $i-1, 1);
if ($letter1 eq $letter2) {
$diagonal_score = $matrix[$i-1][$j-1]{score} + $MATCH;
}
else {
$diagonal_score = $matrix[$i-1][$j-1]{score} + $MISMATCH;
}
 
 
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#                                                       berechnet gap scores                                                                                               #
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$up_score   = $matrix[$i-1][$j]{score} + $GAP;
$left_score = $matrix[$i][$j-1]{score} + $GAP;



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#                             aussuchen des best score                                                                                     #
####################################################################################################
if ($diagonal_score >= $up_score) {
if ($diagonal_score >= $left_score) {
$matrix[$i][$j]{score}   = $diagonal_score;
$matrix[$i][$j]{pointer} = "diagonal";
}
else {
$matrix[$i][$j]{score}   = $left_score;
$matrix[$i][$j]{pointer} = "left";
}
} else {
if ($up_score >= $left_score) {
$matrix[$i][$j]{score}   = $up_score;
$matrix[$i][$j]{pointer} = "up";
}
else {
$matrix[$i][$j]{score}   = $left_score;
$matrix[$i][$j]{pointer} = "left";
}
}
}
}

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#                                                                       print matrix                                                                                                             #
########################################################################################################## 

my $j = length($seq1);
my $i = length($seq2);
my @seq1 = ("*");
my @seq2 = ("*");
my @s1=split(//,$seq1);
my @s2=split(//,$seq2);
push (@seq1,@s1);
push (@seq2,@s2);
if ($debug ==1 ) {

print "The Score Matrix\n";
print "-----------------------\n";
print "\t";
foreach (@seq1) {
print $_."\t";
}
print "\n";
for (my $u=0;$u<=$i;$u++) {
print $seq2[$u]."\t";
for (my $v=0;$v<=$j;$v++) {
print $matrix[$u][$v]{score}."\t";
}
print "\n";
}
 
#####################################################################################################
print "The Trace Matrix\n";
print "-----------------------\n";
print "\t";
foreach (@seq1) {
print $_."\t";
}
print "\n";
for (my $u=0;$u<=$i;$u++) {
print $seq2[$u]."\t";
for (my $v=0;$v<=$j;$v++) {
 
if ($matrix[$u][$v]{pointer} eq "none") {print  "N\t";}
if ($matrix[$u][$v]{pointer} eq "left") {print  "L\t";}
if ($matrix[$u][$v]{pointer} eq "up") {print  "U\t";}
if ($matrix[$u][$v]{pointer} eq "diagonal") {print  "D\t";}
 
}
print "\n";
}
 
}
my $align1 = "";
my $align2 = "";
 
my $score = $matrix[$i][$j]{score};
 
while (1) {
last if $matrix[$i][$j]{pointer} eq "none";
 
if ($matrix[$i][$j]{pointer} eq "diagonal") {
$align1 .= substr($seq1, $j-1, 1);
$align2 .= substr($seq2, $i-1, 1);
$i--; $j--;
}
elsif ($matrix[$i][$j]{pointer} eq "left") {
$align1 .= substr($seq1, $j-1, 1);
$align2 .= "-";
$j--;
}
elsif ($matrix[$i][$j]{pointer} eq "up") {
$align1 .= "-";
$align2 .= substr($seq2, $i-1, 1);
$i--;
}
}
 
$align1 = reverse $align1;
$align2 = reverse $align2;
 
print "Best Alignment\n";
print "--------------\n";
print "Seq1:\t$align1\n";
print "Seq2:\t$align2\n";
print "score = $score\n";
 
print time - $now." second\(s\)\n";

Last edited: 2011-12-26 23:04:06 +0100 (CET)

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