Mal abgesehen davon das der DB Admin wahrscheinlich nen Grund hat, könntest du vielleicht mittel MySQL Proxy das Problem umgehen.

Hier mal ein kleiner Link: http://blog.netways.de/2008/09/03/mysql-performanc...

Intressant wäre auch wie lange die Verbindung zur DB offen bleibt. Wenn du sie expliziet beendest gehen vielleicht mehrere Skripts parallel durch da das erste seine Verbindung schon beendet hat, wenn das 16te Programm gestartet wird. Natürlich nur wenn die Verarbeitung der Daten etwas länger dauert.