Ich habe jetzt den Checkbutton unter openSUSE getestet. Dort kann ich die Rahmenbreite des Indikators mit -borderwidth beeinflussen (standardmäßig 2). Wenn ich -relief => 'raised' setze (standardmäßig -relief => 'flat'), hat das Widget die gleiche Rahmenbreite. Mit -selectcolor kann ich die Indikatorfarbe im selektierten Zustand wählen (standardmäßig violett). Das sieht alles normal aus.

Das von mir beschriebene andere Verhalten unter Windows kann man damit erklären, dass dort im Indikator im selektierten Zustand ein Häkchen angezeigt wird. Dadurch braucht der Checkbutton keine Farbänderung und keinen 3D-Indikator-Rahmen, um seinen Zustand anzuzeigen.