In diesem Fall wäre Tie::File wohl noch bequemer zu nutzen als File::Slurp, auch wenn es vermutlich nicht sehr performant ist.

Die kanonische Lösung wäre, jede Originaldatei nur zum Lesen zu öffnen, eine temporäre Datei zum Schreiben zu öffnen in die man den transformierten Inhalt des Originals überträgt und zum Schluss die temporäre Datei über das Original zu verschieben um es zu ersetzen.