Quote

s~ = /\n$//g;

zuerst: was soll s~ = bedeuten?

und das dollarzeichen in der regex ist ja auch komplett unnötig.
weisst du, was es bedeutet?
aus perldoc perlre:
$   Match the end of the line (or before newline at the end)

du möchtest also ein newline am ende oder vor einem newline am ende entfernen... also ein newline vor einem newline...

für das wirklich ende eines strings nimmst du \z:
\z  Match only at end of string

so, das als erstes.

und wie du mehrere zeichen matchst, solltest du eigentlich auch wissen - mit einem pluszeichen.

$string =~ s/\n+\z//

also im grunde ziemlich simpel.