Ohne die Datenbank zu kennen: 500.000 Rows in einer Transaction klingt nicht gerade besonders schlau für mich. Die Datenbank muss einen gewaltigen Rollback-Buffer aufbauen. Arbeitet "load from insert into" ebenfalls atomar?

Möglicherweise könntest du den input in kleinere "chunks" aufbrechen und einfügen, 50.000 Rows pro Durchgang (evtl. konfigurierbar und performance messen) - wenn die Anwendung das sicherheitstechnisch erlaubt, that is.

Davon ausgehend dass das Informix-Modul sauber geschrieben ist, ist das eher eine Datenbankfrage als eine Perlfrage.