Du hast doch geschrieben, dass du aus Webshop und Warenwirtschaft die Daten als CSV exportierst.
Diese Dateien (Tabelle) kannst du doch auswerten, bearbeiten und mittels JOIN o. ä. in eine neue Tabelle umwandeln, die du dann wieder exportierst.

So ganz verstehe ich nicht, warum du nicht eine SQL-Lösung zum Auswerten per DBD::CSV nicht verwenden willst.