Du hast zwei Möglichkeiten.
- Du benennst die Datei Temporär um ließt sie ein und löscht sie nachher, wenn die die Datei mit dem selben Namen geschrieben wurde.
- Du öffnest die Datei Lesend und schreibend '+<', liest alles in ein Array, gehst an den Anfang der Datei seek($fh,0,0), setzt die Dateigröße auf Null truncate($fh, 0) und schreibe die neuen Daten.
Alternativ kannst du die Datei lesend öffnen, schließen, löschen und schreibend neu öffnen.

Es gäbe noch eine weitere Möglichkeit "in Place" Teile zu überschreiben, das ich aber nichts für Unerfahrene und hat einige Einschränkungen.