wie lautet der komplette pfad zum CSS?
hast du dir die antworten im thread durchgelesen?
liegt das CSS im cgi-bin?
wenn es im document root liegt, dann musst du vermutlich '../style.css' angeben.

das hat nichts mit CGI zu tun.
der browser bekommt ein HTML-dokument von der url /cgi/bin/deinskript.cgi
wenn darin ein style.css ohne pfad eingebunden wird, kann der browser ja nicht wissen, dass der pfad ganz anders lauten muss und versucht /cgi-bin/style.css aufzurufen.