Ja, so habe ich mir das vorgestellt. Benutzt du es im Intranet oder im Internet? Ist dein Linux zufällig ein Debian? Die einfachste Lösung ist das Skript via sudo aufrufen zu lassen. Dazu müsstest du in /etc/sudoers einen Eintrag erzeugen der dem Webserver erlaubt das Skript mit root-Rechten zu starten. Vieleicht hat hier noch einer einen besseren Vorschlag?!
Da ich im Moment kein Linux zur Hand habe, kann ich dir keine genaue Anleitung geben. Alles was aus dem Web mit root-Rechten gestartet werden kann ist zumeist problematisch/gefährlich. Warte nochmal ob jemand einen besseren Vorschlag postet.