Um ein Kochrezept angeben zu können, wie man es machen kann, bräuchte ich noch etwas mehr Informationen wie diese Textdatei strukturiert ist bzw. wie sich die Grenze zwischen mehreren Datensätzen erkennen lässt.

Grundsätzlich könnten folgende Techniken hier nützlich sein:

• Neusetzen des Eingabedatensatztrennzeichens, zum Beispiel auf $/ = '. + .', um die Datei in logisch sinnvollen Teilen einzulesen.
• Verwendung des Flipflopoperators, zum Beispiel if (/gene/ .. /exon/) { ... }, um während des Einlesens der Datei Aktionen zwischen dem Auftreten zweier Bedingungen auszuführen.
• Verwendung einer Puffervariablen, der ankommende Datensätze hinzugefügt werden.
• Verwendung regulärer Ausdrücke um die Start- und Stopmuster zu erkennen und um die gewünschten Informationen aus dem Text zu extrahieren.