Du könntest eine Datei in 10Mb Blöcke zerlegen und darüber die Quersummen bilden.
beim testen liest du den ersten block von Vorne machst die summe, dann testest du den letzten block, dann den zweiten dann den vorletzten usw. bis du einen Unterschied findest oder alle getestet sind.
Zudem kannst du zuerst die Dateigrößen vergleichen.

Ob das etwas bringt hängt davon ab, wie viele Dateien und wo diese verändert werden.

Weiterhin kannst du mit einer einfachen Quersumme arbeiten, da du nur eine Datei mit der selben älteren vergleichst, da die Änderungen wahrscheinlich spezifisch sind, brauchst du keine "guten" Hash wie sha1 oder md5 unter Umständen reicht eine einfache Prüfsumme.

hier ist eine Liste:
https://secure.wikimedia.org/wikipedia/en/wiki/Lis...