Normalerweise muss man nicht irgendwo rumpfuschen in Konfigurationsdateien, im cgi-bin Verzeichnis sollten CGI von Anfang an laufen.

Welches Betriebssystem genau?
Bitte mal Ausgabe von
cat /etc/issue
posten.

Wie hast du den Webserver installiert?
Aus den Paketen der Distribution?

Welche Pakete hast du installiert?

Hast du VirtualHosts auf dem Webserver?