Wenn mod_perl komplett deaktiviert sein soll, kann man das erreichen, indem man das entsprechende Apache-Modul nicht lädt.

Das kann man entweder erreichen, indem man die Konfig-Zeile (so oder so ähnlich):



in der httpd.conf auskommentiert.

Oder es ist u.U. über die -D-Schalter ein- und abschaltbar.

So könnte es eine Datei /etc/sysconfig/httpd (z.B. bei Red Hat Systemen) geben, in der diese -D-Schalter konfiguriert werden. Dort entfernt man dann den entsprechenden Schalter für mod_perl; jedenfalls,
wenn es über diesen Weg eingeschaltet wurde und der Schalter gesetzt ist.

Wie das konkret bei Dir ausschaut, kann man so schlecht erraten, ohne Kenntnis des Systems.