Das ist seltsam. Eine DB sollte die Einträge nicht verändern, denn sie weiß nicht um was es sich handelt (Es muss ja nicht HTML sein es kann auch Code, etc. sein.)

Mein vermutung ist, dass dein Code irgendwo zwischen Eingabe und der DB,
oder Zwischen der DB und Ausgabe, ein decode_entities in irgendeiner weise hast

Mein Vorschlag wäre es erst mal die DB direkt mit einem kleinen Script zu testen um zu schauen was mit HTML passiert. Dann würde ich an verschiedenen Stellen Testausgaben in eine Datei machen und schauen, wo die Veränderung des Strings auftritt.