naja, das fragezeichen ist ein zeichen mit besonderer bedeutung in regexes.
x? bedeutet, matche auf "x", und das 0 oder 1 mal.
du musst ein fragezeichen also escapen.
dann kommst du auf folgendes:
$contents =~ s/(<\?php.*\?>)/ /gsi;
das wiederum wird auch noch nicht ganz reichen, da es dir bei mehr als einem tag den kompletten content zwischen den tags auch mit löschen wird. weil nämlich .* "greedy" ist, d.h. es matcht soviel wie möglich.
lösung:
$contents =~ s/(<\?php.*?\?>)/ /gsi;

hinter einem .* hat das fragezeichen die funktion: "mache den vorhergehenden ausdruck non-greedy".

http://p3rl.org/perlretut