naja, wenn ich das richtig gelesen und verstanden habe, dann bewirkt foldmethod=syntax eine Faltung anhand des Syntax-Highlighting.
Anscheinend kann einzelnen Objekten im Highlighting ein "fold" Argument angehangen werden.
Anhand dieses Arguments entscheidet sich dann, ob etwas gefaltet werden soll oder nicht.

Anstatt also eine Datei manuell durchzuarbeiten und die gewünschten Teile zu falten, wird es eben an der Syntax fest gemacht.

Hm, :let perl_nofold_packages=1 schaltet das Folding für Packages aus; damit scheint der Fehler nicht aufzutreten. Was meine Vermutung von letzter Nacht bestätigen würde.