Wenn die Felder zusammen wachsen, wird das Trennen mit split schwierig.

Bei Deinem zweiten Beispiel könnte es noch gehen, wenn man
/\s+|(?=<\b0)/ als Regex für split verwendet (ungetestet),
da die "zusammengewachsenen" Zahlen immer mit einer '0' beginnen.

Wenn es mit split nicht mehr geht, kann man eine Regex für die ganze Zeile verwenden.
Da sollte man sich aber vorher überlegen, welche Grenzfälle auftreten können und wie man sie behandelt, d.h. wie man entscheidet, welche Ziffer zu welcher Zahl gehört.

Wenn man so einen Algorithmus hat, kann man ihn wahrscheinlich auch in eine Regex packen (Ansonsten filtert man halt mit mehreren Regex.)

Vielleicht gibt es aber auch Fälle, wo man gar nicht mehr eindeutig entscheiden kann, welche Ziffer zu welcher Zahl gehört.
Da gibt es dann nur noch zwei Möglichkeiten:
- mit Heuristiken leben
- das Programm, das den Output erzeugt umkonfigurieren/patchen, dass man wieder eindeutigen Input bekommt.