Hi,

mal ein paar allgemeine Dinge:

ich würde zunächst mal den "strict" Modus aktivieren. Unter UseStrict wurde mal zusammengestellt, warum.

Dann würde ich die 3-Argument-Form des open() einsetzen und auch gleich lexikalische Filehandles. Dazu steht unter WasIsteinLexikalischerFileHandle etwas.

Stehen Deine Vokabeln nur in einer (sprich: der ersten) Zeile in Vokabeln.txt?
Wenn nicht, dann solltest Du die Vokabel-Datei in einen Array einlesen, nicht in einen Skalar.

Unabhängig davon solltest Du Dir bewusst sein, dass ein Zeilenumbruch auch eingelesen wird; D.h. Deine eingelesene Zeile enthält noch den Zeilenumbruch. Den kannst Du mit chomp() entfernen.
Ansonsten kann es passieren, dass der String-Vergleich keinen Treffer liefert.

Zu Deiner konkreten Frage:

Du öffnest die Datei nur zum Überschreiben. Dadurch werden die vorigen zu speichernden Eingaben überschrieben.
Du musst es mindestens zum anhängenden Schreiben öffnen, damit die neuen Einträge hinten angehangen werden können.