Vorab: Das "nested stes"-Modell habe ich nicht verstanden, habe aber auch nicht die Muße mich da einzulesen. Trotzdem hier ein paar von meinen Gedanken:

Wie Renee habe auch ich mich gefragt, ob Du in Perl wirklich die Struktur imt den verschchtelten Hashes brauchst. Aber das hängt davon ab, was Du mit den Daten alles anstellen willst.

Hst Du einmal an eine Kombination von Parent- und Pfad-Modell gedacht?
Im Prinzip das Pfad-Modell mit einer zusätzlichen Parent-ID.

Was die Zugriffsmöglichkeiten angeht hast Du dann die Vorteile beider Modelle. Nachteil: 3-4 Byte zusätzlicher Speicherbedarf pro Eintrag.