Das ganze liesse sich mit einer Steuerdatei und Signalen lösen. (Linux bzw. Unix vorausgesetzt. Bei Windows bin ich mir nicht sicher.)
Das Perlskript welches die serielle Schnittstelle bedient bekommt einen Signalhandler, der die Steuerdatei liest, verarbeitet und wieder sich selbst als Signalhandler einrichtet.
Aus dem CGI müsstest Du dann lediglich eine Steuerdatei anlegen und dem anderen Prozess (PID beim Start in Datei sichern) ein Signal (kill -<SIG> <PID>) zukommen lassen.
Dann gibt es natürlich noch ein paar Feinheiten zu beachten (Dateilocks, damit die Datei nicht versehentlich überschrieben wird wenn zwei Änderungen via CGI kurz nacheinander eintrudeln etc.).

Just my 2 cents.
Daniel