Ich hatte mir letztens mal so ein supereinfaches Teil gestrickt, dass einfach die Eingabe mittels qx() an das OS schickt.
my @result = qx ($cgi_variable);

Danach noch schnell die Rückgabe von Windows zeichenkonvertiert (soweit das gebraucht wird) mit Text::Iconv und Ausgabe der Rückgabe an den Browser.
Fertig.
Einfach Konsolenbefehle funktionierten damit allemal.

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War nicht so ganz mein Fall :)