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Aber bei ähnlichen Aufgabenstellungen/Problemen habe ich mir angewöhnt den ganzen HTML-Input in HTML::TreeBuilder einzulesen und wieder auszugeben. Dann kommt (fast immer) gültiges HTML raus

Ich benutze auch markdown, habe aber noch einen "praeprozessor" für eigene Auszeichnungen vorgeschaltet.
In einer praktischen Anwendung schließe ich ein DIV des Templates im Artikeltext, um ein bestimmtes Layout realisieren zu können. Natürlich weis ich genau, was ich tue.
Eine perfekte Lösung gibt es sicherlich nicht, außer man lässt überhaupt kein HTML zu.