Um es noch mal ganz deutlich zu sagen.
Wenn du die "exporer.exe" ausführst schaut sie nach, ob schon eine "exporer.exe" läuft. Wenn dem so ist kontaktiert das Programm diese Instanz und teilt mit, dass ein neues Explorer-Fenster geöffnet werden soll. Wenn du nun versuchst eine "exporer.exe" zu beenden, versuchst du das nicht bei der, welche du gestartet hast, sondern die zentrale Instanz.

Dieses verhalten ist nötig, damit die Integrität der Benutzergrenzen gewahrt belibt. Ein Explorer muss auf alle Verzeichnisse auf vershiedene Systembestandteile (USB z.B) usw. zugreifen. Das ist aus einem normalen Benutzeraccount nicht erlaubt. Darum läuft normalerweise nur eine "explorer.exe" Instanz in einem sehr privilegieren BenutzerAccount.