zeile 22-24 in ein if (@$stack) packen. sonst wird versucht, ein tag zu schliessen, welches gar nicht auf dem stack ist, weil es ein nicht existierendes tag ist.
ansonsten musst du wie gesagt selber schauen, was du mit solchen tags machen willst. sollen sie unverändert wieder ausgegeben werden? dann musst du die schliessende klammer selber wieder an $output hängen.
ich kann dir kein fertiges skript schreiben, schon gar nicht, wenn nicht klar ist, wie der output aussehen soll und was mit sonderfällen passieren soll. ich kenne nur die oben angegebenen beispiele.
der parser zeigt jedenfalls, wie man grundsätzlich vorgehen sollte, um verschachtelungen korrekt zu parsen.